W finale z trzeciej części „Trylogii Mesjasza” Hope Summers w końcu trafiła do naszych czasów i dołączyła do X-Men, a kiedy to nastąpiło w Hope na moment ujawniła się moc Phoenix i w tym samym czasie pojawiło się kilku nowych mutantów – pierwszych po „Dniu M” (zakończenie „X-Men: Second Comming” – trzeciej części „Trylogii Mesjasza”).

„Avengers kontra X-Men” rozpoczyna się po jakimś czasie gdy przebywająca w kosmosie Moc Phoenix zmierza ku Ziemi i wszystko wskazuje na to, że na kolejnego nosiciela wybrała właśnie Hope Summers. Cyclops widzi w tym szansę dla cofnięcia efektów „Dnia M” i odrodzenia rasy mutantów jednak dla Kapitana Ameryki i Avengers Phoenix jest zagrożeniem, które należy wyeliminować (Wolverine, który należy zarówno do Avengers jak i X-Men staje po stronie Kapitana). Do pierwszego starcia dochodzi gdy Avengers próbują przejąć Hope, a X-Men stają w jej obronie. Wolverine zdając sobie sprawę z niebezpieczeństwa Phoenix postanawia w sekrecie zabić Hope jednak dziewczyna ucieka.

Rozpoczyna się polowanie na Hope, która sama odnajduje Wolverina i składa mu propozycję by pozwolił jej spróbować zapanować na mocą Phoenix, a zabije ją dopiero w przypadku niepowodzenia. Wolverine leci z Hope na księżyca by zbliżającą się moc Phoenix  utrzymać z dala od Ziemi jednak grupy Avengers i X-Men namierzają ich, i także przybywają na księżyc gdzie dochodzi do kolejnego starcia. W czasie walki przybywa Phoenix i staje przed Hope, która w obliczu ogromu mocy Phoenix zawahała się, i nie przyjęła jej. W tym samym momencie Iron Man wystrzeliwuje z przygotowane wcześniej działa w Phoenix  mając nadzieję na rozproszenie jej mocy lecz efekt jest taki, że moc podzieliła pomiędzy pięciu mutantów: Cyclopsa, Emme Frost, Namora, Colossusa i Illyane.

Piątka mutantów obdarzona mocą Phoenix, pod wodzą Cyclopsa, zaczyna wykorzystywać swoją nową siłę w celu poprawy sytuacji na świecie. Tymczasem Avengers z Wolverinem pozostając w ukryciu szukają sposobu na pokonanie tej piątki obawiając się, że prędzej czy później moc Phoenix przejmie nad nimi kontrolę i wypaczy ich podobnie jak kiedyś miało to miejsce z Jean Grey. Faktycznie coś podobnego ma miejsce i jak kiedyś Wanda powiedziała „Nigdy więcej mutantów” tak teraz Cyclops mówi „Nigdy więcej Avengers” wypowiadając im wojnę. Kiedy mutanci odkrywają, że Avengers ukrywają się w Wakandzie, Namor używając swojej siły zatapia Wakandę. Gdy Avengers udaje się pokonać Namora moc Phoenix, która z nim tkwiła została podzielona pomiędzy pozostałą czwórkę.

Avengers ukrywają się w Kun Lun gdzie Hope odbywa trening pod okiem Iron Fista i Scarlet Witch by pokonać moc Phoenix. Tymczasem Colossus i Illyana odnajdują i atakują pozostałych Avengers. W trakcie walki Spider-Man podpuszcza rodzeństwo, że gdy jedno z nich padnie to drugie zyska moc Phoenix pokonanej osoby. Fortel się udaje – Colossus i Illyana atakują siebie nawzajem co kończy się podwójnym nokautem w wyniku czego moc Phoenix opuszcza ich ciała i przechodzi do Cyclopsa i Emmy.  Gdy Cyclops odkrywa gdzie ukrywają się Avengers i Hope atakuje Kun Lun i znajdujących się tam Avengers. Podczas walki Hope udało się wykorzystać swoją moc i tak mocno uderzyła Cyclopsa, że odrzuciło go aż na księżyc dzięki czemu bohaterom udało się uciec.

Po tych wszystkich wydarzeniach pozostali X-Men widząc jak wielkim zagrożeniem są mutanci obdarzeni mocą Phoenix  przyłączają się do Avengers by wspólnie pokonać Cyclopsa i Emme. Do Avengers dołącza także Charles Xavier który staje naprzeciw Cyclopsa i  próbuje przemówić mu do rozsądku. Gdy to nie daje żadnego rezultatu Avengers i X-Men wspólnie atakują na Cyclopsa i Emme. W trakcie walki wściekły Cyclops najpierw powale Emme by przejąć jej moc, a następnie uwalnia moc Phoenix i zabija Xaviera na oczach wszystkich.

Po śmierci Xaviera Cyclops przyjmuje postać „Mrocznej Phoenix”, a wszyscy przedstawiciele Avengers i X-Men rozpoczynają desperacki, ostatni atak. Gdy Cyclops zostaje osłabiony wspólnym atakiem moc Phoenix opuszcza go i łączy się z Hope, która przybiera postać „Białej Phoenix”. Jednak widząc jakie zagrożenie niesie moc Phonic Hope wspólnie ze Scarlet Witch postanawiają pozbyć się jej na zawsze. Obydwie łapią się za ręce i tak jak kiedyś Wanda powiedziała „Nigdy więcej Mutantów” Hope i Wanda wykorzystując wspólną siłę mówią „Nigdy więcej Phoenix” w wyniku czego moc Phoenix zostaje rozproszona po całej planecie co daje początek nowym pokoleniom mutantów.

Najważniejsze konsekwencje eventu „Avengers kontra X-Men” były następujące:
– śmierć profesora Charlesa Xaviera,
– zatopienie Wakandy przez Namora,
– Cyclops zostaje przestępcą i mordercą zatrzymanym przez S.H.I.E.L.D.,
– relacje między ludźmi a mutantami stają się jeszcze bardziej napięte,
– przez cały czas na świecie pojawiają się nowi mutanci – konsekwencję „Dnia M” w końcu znikają na zawsze.